O Programa tem como objetivo garantir a transparência e a isonomia de tratamento tributário, observando os princípios da legalidade, impessoalidade e moralidade administrativa. Com isso, busca-se evitar a concessão indiscriminada de benefícios fiscais em detrimento da arrecadação tributária do estado e dos municípios catarinenses, os desvirtuamentos de conduta de agentes públicos e a falta de fiscalização e acompanhamento das condições para concessão de benefícios tributários. 

Em 2017, o CECCON propôs a Ação Direta de Inconstitucionalidade n. ADIN 8000014-09.2017.8.24/0000 visando extirpar da legislação estadual o parágrafo único do art. 99 da Lei Estadual n. 10.297/1996 que permitia a concessão de benefícios fiscais não autorizados pelo CONFAZ. Como resultado prático dessa intervenção do MPSC, o Estado de Santa Catarina, no tocante à concessão de benefícios fiscais, estabeleceu que qualquer subsídio ou isenção, redução de base de cálculo, concessão de crédito presumido, anistia ou remissão, relativos a impostos, taxas ou contribuições só poderão ser concedidos mediante lei específica estadual e, em relação ao ICMS, a concessão do benefício dever ser precedida de Convênio unanimemente aprovados pelos Estados representados no Conselho Nacional de Política Fazendária (CONFAZ). Por fim, em 2022, a 20ª Promotoria de Justiça da Capital (Promotoria Regional da Ordem Tributária) instaurou o Inquérito Civil n. 06.2022.00004128-4, cujo objetivo é analisar a transparência dada aos benefícios fiscais concedidos pelo Estado de Santa Catarina. .