2001: em 13 de março de 2001, o Programa Apoia é lançado oficialmente em Florianópolis, Capital do Estado de Santa Catarina. Logo, o APOIA é expandido pelo território catarinense.

2002: em julho, o APOIA é escolhido pelo Ministério da Educação como modelo para todo o país.

2002: o Ministério Público de Santa Catarina é destaque na divulgação do IDH 2002 pela ONU por conta do trabalho desenvolvido com o APOIA. A instituição é considerada como "exemplo de atuação responsável e transparente, zelando pela boa aplicação dos recursos públicos e incentivando a formação de parcerias em busca de resultados que beneficiem a comunidade.

2002 a 2006: nos primeiros anos de existência, várias ações foram desencadeadas. Nesse período, o objetivo principal foi implantar o programa em todas as comarcas do Estado.

2006: o programa passou a atender também o ensino médio, com a reedição da Portaria n. 36, da Secretaria de Estado da Educação, que instituiu o APOIA.

2007: nesse ano, o órgão gestor do APOIA, o Centro de Apoio da Infância e Juventude (CIJ), passou a desenvolver estratégias para adequar o programa às necessidades das Promotorias de Justiça.

2009: o programa passou a atender também as crianças do ensino infantil, com a publicação da EC n. 59/2009, que ampliou o ensino fundamental obrigatório para a faixa etária dos 4 aos 17 anos de idade.

2009 e 2010: nesses anos, foram analisadas as possibilidades da implantação de equipes multidisciplinares nas comarcas para atendimento dos casos de evasão escolar. Também foram iniciados os estudos para a informatização do programa.

2013: o programa APOIA é escolhido como uma das três atividades prioritárias do Centro de Apoio da Infância e Juventude (CIJ).  Nesse ano, foi criado um novo projeto com as modificações apontadas como necessárias pelos Promotores de Justiça. O programa foi então batizado de Novo APOIA e ganhou duas frentes de trabalho:

·         a criação de um sistema informatizado, o Sistema APOIA On-line, para substituir as antigas fichas de infrequência; e

·         o fortalecimento das políticas públicas intersetoriais relacionadas à educação infantojuvenil para prevenir e combater o abandono e a reprovação escolar, bem como promover a educação de qualidade e o sucesso escolar.

2014: É lançado o Sistema APOIA On-line, em uma parceria entre o Ministério Público, a Secretaria de Estado da Educação e o CIASC. O sistema permite a emissão de avisos de infrequência escolar em uma plataforma web que conecta, em tempo real, todas as instâncias parceiras do programa, dando maior rapidez e eficácia às ações para trazer os alunos de volta à escola e, ao mesmo tempo, permitindo a extração de estatísticas confiáveis para monitoramento e avaliação.

2015: o sistema on-line obtém grande êxito e, devido ao sucesso da iniciativa, o Novo APOIA é eleito como prioridade institucional no Plano Geral de Atuação do MPSC para o ano de 2015.