- Operação "Fundo do Poço", O GAECO investigou, por aproximadamente 18 meses, um esquema criminoso que contava com a participação direta de servidores públicos municipais e empresários do ramo de perfuração de poços artesianos. Ao todo, foram expedidos pelo Tribunal de Justiça de Santa Catarina 20 mandados de prisão temporária e 48 de busca e apreensão. O Ministério Público de Santa Catarina (MPSC) ofereceu denúncia contra 46 pessoas investigadas na operação Fundo do Poço. A ação penal trata dos crimes de organização criminosa, fraudes e dispensa indevida em licitações, corrupção ativa e passiva, peculato e advocacia administrativa. O Tribunal de Justiça de Santa Catarina (TJSC) determinou o afastamento do cargo de 08 (oito) Prefeitos Municipais envolvidos na operação "Fundo do Poço". (Ano 2013)

- Operação "Leite Adulterado I, II e III", O GAECO deflagrou três operações simultâneas para combater crimes contra a saúde pública e garantir direitos dos consumidores.  As investigações levaram cerca de cinco meses e foram focadas em empresas de laticínios, unidades resfriadoras e transportadoras de leite, cujos empresários e funcionários estavam falsificando e adulterando o leite destinado a consumo humano, tornando-o nocivo à saúde ou reduzindo o valor nutricional. Foram cumpridos 20 mandados de prisões e 32 mandados de buscas e apreensões, nas cidades do Oeste e Meio-Oeste de Santa Catarina e uma do Rio Grande do Sul. (Ano 2014)

-  Operação "Arion I e II", o GAECO investigou um esquema de produção de bebidas no Norte e Sul de Santa Catarina e seu comércio para outras Unidades da Federação, compreendendo venda e distribuição sem notas fiscais, com documentos fiscais de empresas de fachada, ocultação de receitas e lavagem de capitais com aquisição de bens de luxo. Havia suspeitas, fundadas em denúncias ao Ministério Público, de que mais de R$ 50 milhões tenham sido sonegados com o esquema. Foram cumpridos 12 mandados de prisão, sendo onze em Joinville e um em Natal (RN). Além das prisões, foram cumpridos 24 mandados de busca e apreensão em cidades catarinenses, além de municípios dos Estados do Paraná e Rio Grande do Sul. (Ano 2013 e 2014)

- Operação "Águas Limpas", O GAECO investigou por mais de seis meses crimes de associação/organização criminosa, fraudes em licitações e crimes contra a administração pública, em especial, corrupção, com a participação direta de servidores públicos municipais e empresários. Em síntese, o esquema criminoso operava na Secretaria Municipal de Águas e Saneamento de Lages, em que empresários pagavam propinas vultosas a servidores públicos municipais para ter os seus interesses atendidos por meio do direcionamento de editais licitatórios que frustravam a competitividade da licitação. Foram cumpridos (01) um mandado de prisão temporária e (06) seis mandados de busca e apreensão, além da prisão em flagrante de um servidor público municipal de Lages juntamente com dois empresários, ao receber uma bolsa com dinheiro (propina) no valor de R$ 165.000,00. Desta operação resultou a condenação em 1ª instância do então Prefeito Municipal de Lages-SC em mais de vinte e quatro anos de reclusão. (2014)

- Operação "Corte Seguro", A operação "Corte Seguro" foi fruto de investigação que durou pouco mais de um ano pelo G para apurar um esquema criminoso envolvendo várias etapas do chamado "golpe do seguro". A operação buscou o cumprimento de 150 mandados de prisão preventiva - 74 em Santa Catarina, 72 no Rio de Janeiro e 04 no Paraná - e 110 mandados de busca e apreensão - 100 deles em Santa Catarina. Em Santa Catarina os mandados foram cumpridos pelos Grupos Regionais do GAECO, com suporte logístico e apoio da Polícia Civil, da Polícia Militar, da Polícia Rodoviária Federal, do Instituto Geral de Perícias, da Secretaria Estadual da Fazenda, Diretoria Estadual de Investigações Criminais e de Unidades Operacionais, Agência Central de Inteligência e Batalhão de Operações Policiais Especiais da Polícia Militar. No Rio de Janeiro e no Paraná a Operação Corte Seguro foi conduzida pelos GAECOS de cada Estado. (Ano 2015)

- Operação "Ressonância", o GAECO desvendou sofisticado esquema paralelo e escuso, que visava captar pacientes de diversos municípios, com necessidade de realização de consultas e exames no SUS, manipulando o agendamento de consultas, exames e procedimentos médicos, em sua maioria, no Hospital Governador Celso Ramos, em Florianópolis, mediante o recebimento valores em dinheiro e/ou benefício material ou, ainda, obter vantagem política futura, pela fidelização de eleitores, por parte dos investigados. A investigação apurou crimes de falsidade ideológica, inserção de dados falsos nos sistemas de informação, corrupção passiva e crimes eleitorais, envolvendo cinco agentes públicos e terceiros, os quais basicamente estariam sistematicamente violando a fila de espera do Sistema Único de Saúde (SUS) para realização de exames de ressonância e tomografia, por intermédio de procedimentos irregulares e cobrança de valores dos pacientes. Foram cumpridos 19 mandados de busca e apreensão, 08 mandados de prisão temporária e 03 mandados de condução coercitiva, nos municípios de Florianópolis, Palhoça, Biguaçu, São João Batista e Major Gercino. (Ano 2016)

- Operação "Patrola" I e II, o GAECO investigou supostos crimes de organização criminosa, fraudes em licitações e crimes contra a administração pública, especialmente relacionados com atos de corrupção ativa e passiva, além de peculato, com participação direta de servidores públicos em conluio com empresários da região oeste e meio-oeste catarinense, envolvendo maquinários pesados de responsabilidade do poder público. Foram cumpridos 11 (onze) mandados de prisão temporária, 36 (trinta e seis) mandados de busca e apreensão e 06 (seis) mandados de condução coercitiva. (Ano 2016)

- Operação "Integração", o GAECO apurou crime de organização criminosa voltada a prática de roubos e furtos qualificados, praticados por autores fortemente armados, mediante uso de explosivos, conhecidos vulgarmente por "caixeiros", decorrente de levantamentos iniciais realizado pelo Batalhão de Operações Especiais (BOPE). Foram cumpridos 33 (trinta e três) mandados de busca e apreensão em residências nas cidades de Camboriú (SC), Balneário Camboriú (SC), Itapema (SC), Navegantes (SC), Brusque (SC), Rio Negrinho (SC), Água Doce (SC), Calmon (SC), Fazenda Rio Grande (PR), Quitandinha (PR), Araucária (PR), Curitiba (PR), Pinhais (PR) e Tijucas do Sul (PR), dos quais resultaram na prisão de duas pessoas e apreensão de aproximadamente 96 (noventa e seis) quilos de explosivos. Ressalta-se que durante o curso das investigações foram efetuadas diversas prisões, apreendidas armas, munições e explosivos. A Operação foi nominada de INTEGRAÇÃO em razão da união de esforços dos órgãos responsáveis pela Segurança Pública do Estado de Santa Catarina e Paraná que, em conjunto, conseguiram reduzir consideravelmente as ocorrências voltadas a essa modalidade delitiva. (Ano 2017)

- Operação "Terra Prometida", o GAECO investigou um esquema criminoso envolvendo vereadores do Município de Camboriú que estariam recebendo vantagens indevidas para promoverem alterações no plano diretor municipal que beneficiassem, sobretudo, empresários ligados ao ramo de loteamentos imobiliários. Nesse sentido, foram investigadas as condutas de aproximadamente 60 pessoas. A denominação "Terra Prometida" se deu em razão de que parte dos pagamentos de propina oferecidos e pagos aos servidores públicos investigados era realizado por meio da entrega de lotes até então pertencentes às empresas beneficiadas pelo esquema criminoso. Foram cumpridos 07 (sete) mandados de prisão e 25 (vinte e cinco) mandados de busca e apreensão em residências, escritórios particulares e órgãos públicos, nos Municípios de Camboriú, Balneário Camboriú, Bombinhas, Ilhota, Itapema e Tijucas. Sendo apurados crimes de concussão, corrupção ativa e passiva, lavagem de dinheiro, dentre outros. (Ano 2017)

- Operação "Talentos", o GAECO apurou o desvio de recursos públicos em órgãos geridos pela OSCIP Multiplicando Talentos, vez que muitos pagamentos efetuados pela citada OSCIP à fornecedores de bens e serviços para os CASEPs e Casas de Semiliberdade voltavam para as contas pessoais do presidente da entidade, além de outras irregularidades, como a contratação de servidores para a OSCIP e para as empresas pessoais do presidente, pagos com dinheiro público. Estima-se que os prejuízos aos cofres públicos superem R$ 1,5 milhão de reais. Foram cumpridos 01 (um) mandado de prisão preventiva, 08 (oito) mandados de prisão temporária e 22 (vinte e dois) mandados de busca e apreensão. (Ano 2017)

- Operação "Presidente Getúlio", o GAECO investigou rede de tráfico de drogas de toda a região do Alto Vale. A operação que envolveu 110 agentes de segurança foi resultado de um trabalho de sete meses que teve início em uma investigação do Ministério Público juntamente com a Polícia Militar e Civil do município de Presidente Getúlio-SC. Ao todo foram emitidos 28 mandados de prisão e 24 mandados de busca e apreensão nos municípios de Presidente Getúlio, Ibirama, Lontras e Witmarsum. Durante o cumprimento dos mandados foram presas 29 pessoas, cinco delas em flagrante. Foram apreendidos também uma quantidade considerável de drogas, entre maconha, cocaína, pontos de LSD, armas, veículos que eram utilizados pelos traficantes e mais de R$90 mil. (Ano 2018)